Inicjatywa utworzenia Muzeum Historii Żydów Polskich wyszła od Stowarzyszenia Żydowski Instytut Historyczny i stopniowo zyskała uznanie zarówno w Polsce, jak i na świecie. Patronat nad tworzeniem Muzeum objął Prezydent RP Aleksander Kwaśniewski, a pod przewodnictwem Shimona Peresa, byłego premiera i Ministra Spraw Zagranicznych Izraela, działa Międzynarodowy Komitet Honorowy Muzeum, w skład którego wchodzą wybitne osobistości z wielu krajów.Dzięki funduszom otrzymanym głównie od osób prywatnych i fundacji z USA, Niemiec, Wlk. Brytanii i Polski z czasem możliwe stało się opracowanie projektów przyszłego Muzeum, zgromadzenie unikatowej dokumentacji o polskich judaikach na świecie, a także obudzenie szerokiego poparcia międzynarodowego, które jest konieczne dla zebrania funduszy potrzebnych dla wzniesienia budynku Muzeum. Miasto Warszawa ofiarowało na ten cel działkę ziemi przed Pomnikiem Powstania w Getcie Warszawskim. 25 stycznia 2005r. podpisano umowę między rządem Polski, miastem Warszawą oraz Stowarzyszeniem ŻIH, na mocy której została uzgodniona organizacja i system finansowania przyszłego Muzeum. Umożliwi to rozpoczęcie budowy siedziby Muzeum.
Muzeum ma stać się punktem odniesienia dla wszystkich zainteresowanych dziedzictwem Żydów polskich oraz znakiem dokonującego się przełomu we wzajemnych stosunkach Polaków i Żydów. Sto tysięcy Żydów przyjeżdżających corocznie do Polski znajdzie w nim najważniejsze informacje, które pozwolą im świadomie kształtować własne plany podróży do miejsc ich rodzinnej historii. Istnienie Muzeum powinno wspomóc rozwój tożsamości żydowskiej, wśród odradzającej się wspólnoty Żydów polskich, a jednym z jego zadań będzie wspieranie wielu inicjatyw lokalnych i ogólnopolskich, podjętych w demokratycznej Polsce, by na nowo przemyśleć doświadczenie współżycia obu społeczności. Program Muzeum będzie swego rodzaju "portalem", dającym ogólną orientację i kierującym wszystkich zainteresowanych do miejsc, w których przypominane są zarówno jasne jak i ciemne karty polsko-żydowskiej przeszłości.
Muzeum powinno jednak nade wszystko stać się miejscem spotkań i dyskusji ludzi, którzy pragną lepiej poznać przeszłość i współczesną kulturę żydowską, którzy chcą zmierzyć się ze stereotypami i ograniczyć zjawiska zagrażające współczesnemu światu, takie jak ksenofobia i nacjonalistyczne uprzedzenia. W tym sensie, musi to być miejsce dla wszystkich, promieniujące ideami otwartości, tolerancji i prawdy.
